Conviene considerar la procedencia del Pez Cirujano. Como cualquier pescado, existe un riesgo de acumulación de metales pesados, particularmente mercurio, si proviene de aguas contaminadas o si se trata de especies depredadoras de mayor tamaño. Sin embargo, los cirujanos suelen ser peces más pequeños y herbívoros, lo que generalmente reduce este riesgo. Se recomienda optar por fuentes que garanticen la sostenibilidad y la pureza, idealmente con certificaciones de captura responsable.

Dado su bajo contenido graso, el Pez Cirujano es susceptible a la oxidación lipídica si no se almacena y prepara adecuadamente. La exposición prolongada al aire o el calor excesivo pueden comprometer la integridad de sus proteínas y los pocos lípidos presentes. Para maximizar sus beneficios, se aconseja una cocción suave y un consumo relativamente rápido tras su preparación. Para dietas cetogénicas estrictas, es importante complementarlo con fuentes adicionales de grasas para alcanzar las proporciones macro nutricionales deseadas.